早期卯澳石頭屋是用石頭砌牆茅草蓋屋頂,石頭就地取材,由石匠將大石頭鑿成蓋房子用的方塊石、門柱、窗檻、防盜柱等。牆面內外两層砌石,中間用黏土混入稻草填充(早期沒有水泥)。屋頂茅草二三年要加蓋一次,幾次加蓋之後會形成厚厚的一層茅草屋頂,太厚太重怕壓垮屋頂,因此加蓋茅草時要先掀掉上面幾層之後再蓋上新的茅草。
這種茅草屋頂最怕颱風,會把茅草屋頂翻掉,因此每次颱風來之前一定要作好防颱工作。用竹竿壓住屋頂两端,然後用繩子綁住大石頭來防颱。
茅草屋冬暖夏涼(因屋頂牆面都很厚)。住在裡面瞞舒服。後期因茅草取得不易,維護麻煩又怕颱風。石頭屋的屋頂漸漸改成水泥瓦或到現在的日本瓦。經濟好的家庭屋頂就採用傳統閩南式的建築格式。石頭屋本是卯澳漁村的特色。
近十幾二十年,石頭屋因修復不易且使用空間較小,都改建成鋼筋水泥建築,外牆貼磁磚。已失去卯澳漁村石頭屋聚落的原有特色。經年失去維護的石頭屋,屋頂塌陷、剩下断牆,最有名的就是圖片上的二樓建築。
一首詩：卯澳地景石頭屋、斷牆殘壁比當時。遊人來訪必朝拜、此乃石屋真價值。
