卯澳地名的由來有多種說法:

(1)由海上船觀看這個灣澳,其左為萊萊山,右為荖蘭山,中間是凹入的灣澳,內有三條小溪滙集,形似「卯」字,故名卯澳。
(2)此地地勢,外為大海,並有荖蘭山,萊萊山、两方山峰形若兔耳,內有小溪流、登高俯視,地形如同「卯」字,故名卯澳。
(3)位於卯鯉尖之下(卯鯉尖即荖蘭山)的灣澳,故名卯澳。
(4)平埔族的翻譯者,卯澳是平埔族人捕魚的船。
(5)每天太陽東昇、日出時間大約在清晨5~7時,即是所謂的卯時,因此得名。